I. Spisy pedagogické

Informatorium školy mateřské – spis určený zejména matkám a chůvám, zdůrazňuje vliv předškolní výchovy
Brána jazyků otevřená – učebnice latiny
Orbis Pictus – Svět v obrazech, obrázková učebnice cizích jazyků, v záhlaví každé kapitoly je obrázek, jednotlivé objekty jsou očíslovány a následuje text ve čtyřech jazycích (čeština, latina, němčina, maďarština)
Velká didaktika – nejdůležitější dílo Komenského přeložené téměř do všech světových jazyků. Komenský zde upozorňuje, že výchova dítěte začíná od narození a je rozdělena do 4 stupňů po 6 letech. Škola mateřská (výchova v rodině), škola obecná (národní, v každé obci, vyučovacím jazykem má být jazyk mateřský), škola latinská (ve větších městech) a akademie (v hlavním městě každé země). Po ukončení studií měly následovat závěrečné cesty po světě.
Veškeré spisy didaktické – první sebrané spisy českého autora, byly vydány v Holandsku.

Pedagogické zásady: - názornost vyučování
- postup od známého k neznámému a snadného ke složitějšímu
- odmítání surových trestů
- výcvik tělesných a řemeslných dovedností
- veřejné vyučování přístupné všem bez rozdílu rodu, sociálního původu a stáří
- organizace škol a učební plány mají být všude jednotné a pro všechny závazné

Vedle pedagogických spisů se Komenský pokoušel shrnout veškeré vědění v jednotnou soustavu. Spisy vedoucí k tomuto cíli jsou označovány jako díla pansofická (vševědná, viz. bod III.). Již roku 1643 vydal dříve připravený Plán vševědy, propagující myšlenku, že zvýšení a rozšíření vzdělanosti napraví společenské nemravnosti.