Při nuceném odpočinku se pročítal knihami katolických spisovatelů, které jej velice poznamenaly a začal věřit, že má nadpřirozené poslání. Uzavřel se do sebe a začal žít ve svém vlastním světě, který se pokoušel později aplikovat na skutečnost.
Roku 1522 opustil hrad svého rodu s úmyslem uchýlit se do Jeruzaléma a stát se svatým, přičemž chtěl na katolickou víru obrátit celou Palestinu. Na důkaz toho si předsevzal, že bude jíst a oblékat si jen to, co si oblékal Kristus, podstupoval nesčetné množství sebetýrání a pravidelně chodil ke zpovědi jako „správný katolík“. Jeho vyznání v Monserratu trvalo tři dny.
Postupem času se stával obětí různých vidění pramenících z jeho narušené mysli. Postupně se dopracoval až do takové krajnosti, že pro všechny své plány žádal Boha a Trojici, s kterým promlouval jako s lidmi, o souhlas, měl vidění, jak žene Satana s holí v ruce a jiné halucinace, které ať si to již uvědomoval nebo ne byly v rozporu s Biblí, ale i přesto se staly stěžejními kameny následujících událostí.
Následně prošel duchovními cvičeními ve Španělsku a ve Francii, kde si získal skupinu blízkých přátel. S těmi pak dne 15. srpna 1534 (den nanebevzetí Panny Marie) v podzemní kapli montmartresského chrámu poblíž Paříže založil jádro Jezuitského řádu s prvotním cílem obrátit všechny vyznavače Islámu v Palestině na katolickou víru a později i zbytek nekatolického světa, což bylo završeno slavnostní mší slouženou Petrem Faberem a slibem, který se poté skládal každý rok ve stejnou dobu a děje se tak dodnes. Po své smrti byl Ińigo Lopez de Ońaz y Loyola prohlášen za svatého.